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La création de l’université impériale par Napoléon Ier en 1808 provoqua l’émergence d’un certain nombre de facultés de lettres et de facultés des sciences dans les principales villes de l'Empire.

Montpellier, qui possédait déjà de longue date une faculté de médecine et une école de pharmacie mais également une Société royale des sciences, réputée, créée en 1706, voit ainsi s’ouvrir en 1810 une faculté des sciences dotée au départ de sept chaires : mathématiques transcendantes, astronomie, physique, chimie, zoologie, botanique, minéralogie. Ces chaires étaient au nombre de vingt-sept en 1960, avant la mise en place d’une nouvelle organisation de l’enseignement supérieur en 1970.

En 1879, la faculté est également présente à Sète avec la construction d’une station de biologie marine puis, douze ans plus tard, de l’Institut de botanique, toujours propriété de l'université Montpellier-II. L’Institut de chimie, créé à la même époque, est devenu l'École nationale supérieure de chimie de Montpellier en 1941 et a reçu le titre d’établissement public à caractère administratif rattaché à l'université Montpellier-II.

En 1964, elle quitte le centre-ville pour s'installer dans un campus de trente hectares, au nord de Montpellier, sur lequel sont bâtis 146 000 m2 de bâtiments pour la pédagogie et la recherche. Puis en 1973, l'IUT emménage dans un nouveau campus au nord de Montpellier de neuf hectares, celui de Nîmes est également construit. Plus récemment, deux départements d'IUT sont aménagés sur Béziers et Sète.

En septembre 2007, l'IUT de Béziers devient une composante à part entière et, en janvier 2008, l'IUFM de Montpellier devient également une composante de l'université. La loi de juillet 2013 supprime les IUFM au profit des ESPE. En septembre 2013 l'IUFM devient la Faculté d'Éducation, composante au sein de l'université Montpellier-II.